Le Morvan participe à l'alimentation en eau des deux grands bassins de la Seine et de la Loire. Au nord et à l'ouest, on trouve une série de rivières qui convergent vers le Bassin parisien, les principales étant l'Yonne et la Cure. A l'est et au sud, le bassin de la Loire est alimenté par les diverses vallées confluant vers l'Arroux et l'Aron.

D'autre part, le Morvan est particulièrement riche en plans d'eau. Tous ont une origine artificielle liée soit à des usages anciens comme le flottage du bois (Lac des Settons), soit à des besoins récents, comme la régulation du débit des eaux de la Seine (Lacs du Crescent, de Chaumeçon et de Pannecière), l'alimentation en eau potable (Lacs de Saint-Agnan et de Chamboux), la production électrique, ou encore pour les activités de loisirs.

Le Morvan recèle une ressource en eau importante concentrée sur une petite surface. La qualité de l'eau du Morvan est donc intéressante au niveau national, c'est pour cette raison que l'on a créé en 1993, un Observatoire de la Qualité des Eaux du Morvan qui veille avec attention et observe les milieux aquatiques.

Le Saut de Gouloux