Au fur et à mesure de sa construction, l'Union européenne prend une place de plus en plus grande dans les régions de France ainsi que dans les petits territoires comme le Morvan. Bien sûr, la vie quotidienne et les équipements publics restent gérés par les communes, les départements, la Région et l'Etat, mais de plus en plus, l'Europe apporte son soutien pour des programmes de recherche spécifiques ou l'impulsion du développement d'un secteur particulier.

Le Morvan est ainsi intégré au programme européen 'Natura 2000'. Natura 2000 est en fait le nom d'un réseau européen de sites naturels. Chaque pays de l'Union européenne propose une série de sites dans le but de préserver les milieux naturels et les espèces animales et végétales devenues rares à l'échelle de l'Europe, tout en tenant compte des activités humaines. Sur le Morvan, onze sites font partie du réseau 'Natura 2000'.

Au début du XXIème siècle, l'Europe apporte plus particulièrement son appui au développement culturel du Morvan. En effet, le territoire du Morvan bénéficie du soutien de l'Europe à travers un programme appelé 'Leader +'. Grâce à ce programme, l'Europe budgète, pour la période 2002-2006, 1,3 millions d'euros pour aider les initiatives des acteurs de la culture du Morvan. Ce programme doit soutenir l'expérimentation de nouvelles formes de valorisation du patrimoine culturel et renforcer l'environnement économique. Il doit expérimenter de nouvelles approches et de nouvelles méthodes permettant de combiner entre elles les ressources humaines et/ou financières du territoire. Il ne soutient que les projets de territoires et les projets de coopération pilotes exemplaires.

Certaines activités donnent également au Morvan une dimension européenne. Ainsi, le mont Beuvray où a été découverte Bibracte, accueille un Centre archéologique européen. En 2005,sur une rivière, le Chalaux, doivent se tenir les championats d'Europe de descente en canoë-kayak.

Enfin, et c'est un symbole, la commune de Montreuillon est le centre géographique de la zone euro !