Le débarquement de Normandie coïncide avec l'arrivée de groupes de SAS britanniques qui vont oeuvrer avec les maquis, l'opération de Provence et l'avancée rapide des alliés depuis le sud du pays précipitent la fuite de l'armée allemande qui doit, coûte que coûte, passer par le Morvan pour échapper à la tenaille qui se referme. Equipés par un nombre croissant de parachutages, entraînés et dirigés par leurs chefs, épaulés au besoin par les SAS, les maquisards tendent de nombreuses embuscades aux nazis en retraite, freinent ce repli, infligent à l'ennemi des pertes sévères en hommes et en matériel faisant dire à un général allemand prisonnier un peu plus tard à Auxerre : 'Ah, Morvan très mauvais, les fougères tirent sur nous et nous tirons sur les fougères'.

Quand va se réaliser la jonction des alliés, les maquis libèrent l'essentiel du territoire morvandiau en occupant les lieux abandonnés par la Wehrmacht mais les combats sont rudes lorsque les troupes hitlériennes veulent passer à tout prix (bataille de Crux-la-Ville) ou lorsque la Résistance participe aux côtés des alliés à la libération d'Autun. Quand les combats cessent dans le Morvan, les effectifs des FFI sont estimés à 10000 hommes.

La répression qui au cours de cette période s'est abattue sur la région est terrible : massacre de personnes, déportations, incendies de villages : Planchez, Montsauche, Dun-les-Places. Le pays est durablement marqué. Des stèles, des plaques et des monuments rappellent les sacrifices acceptés pour recouvrer la liberté et un rituel commémoratif, ponctué de dates douloureuses, se met en place.

Constitué par des professeurs d'histoire de l'université de Dijon, un centre d'études auquel participent de nombreux Résistants va permettre à des étudiants, dans leurs thèses ou leurs mémoires, de retracer cette histoire un peu oubliée. Cette activité va déboucher sur la création d'un musée que gère l'ARORM ; celle-ci a publié des ouvrages, a édité un cédérom et dispose d'un service éducatif pour guider les scolaires.