A la fin du IIIème siècle, le Morvan connaît un relatif déclin démographique, à la suite de diverses révoltes et de nombreux raids dévastateurs perpétrés par des Germains. Les Bagaudes, des groupes de paysans gaulois qui vivent dans des conditions misérables, se révoltent contre l'autorité romaine. Des usurpateurs, les 'empereurs gaulois', défient le pouvoir de Rome et tentent de contrôler le territoire éduen. C'est le cas de Tétricus qui, après un siège de sept mois, saccage Autun restée fidèle à Rome. Le IVème siècle semble un peu plus calme, le christianisme se répand sur le Morvan notamment sous l'impulsion de saint Martin alors évêque de Tours.

 

Au Vème siècle, les Vandales, qui se dépeuplent, venus du centre de l'actuelle Allemagne, pillent et saccagent la ville d'Autun, mais épargnent le Morvan. Avec le retour de l'insécurité, les demeures menacées s'entourent de murailles, les villas se regroupent et se fortifient, les villes se replient dans des enceintes plus restreintes. La superficie d'Autun passe de 200 à 10 hectares. Le Morvan est alors rattaché administrativement à la province de la Lyonnaise première. A la fin du Vème siècle, le Sénat de Lyon appelle les Burgondes à la rescousse contre les Alamans,venus d'au-delà du Rhin.