Au cours de l'ère tertiaire se produit un événement important. Le Morvan est surélevé pour former un horst, tandis que les régions voisines sont abaissées. Le paroxysme de ces mouvements qui affectent toute la France se situe à l'Oligocène (vers 34-24 millions d'années). C'est l'époque de formation des grands fossés d'effondrement telles la Bresse à l'est et la Limagne au sud-ouest. L'érosion va attaquer fortement les zones hautes comme le Morvan à partir du Miocène. Elle va finalement décaper ce dernier de sa couverture sédimentaire et mettre à nu les terrains cristallins.

Au Tertiaire, pendant tout le Quaternaire et jusqu'à nos jours, les roches cristallines du Morvan, mises à l'affleurement par l'érosion, subissent l'action des agents météoriques (pluie, vent, gel, acides humiques...) (figure 7). Par ces actions combinées, les granitoïdes sont attaqués et vont donner une arène, un sable plus ou moins argileux, qui peut atteindre plusieurs mètres d'épaisseur.