Au Ladinien (Trias moyen), qui commence il y a 235 millions d'années, le niveau de la mer monte et elle envahit le Morvan alors aplani par l'érosion (figure 6). La remontée des eaux est lente si bien que la mer met 30 millions d'années pour recouvrir la totalité du Morvan, à l'Hettangien. C'est pourquoi on ne trouve les dépôts les plus anciens de cette transgression que dans les régions alors les plus basses.

On peut trouver les dépôts triasiques essentiellement sur le bord est du Morvan, au sud du bassin d'Autun.

Au Trias, la sédimentation est principalement terrigène (grès et arkoses) car la tranche d'eau est encore très faible et l'influence des terres émergées grande. La faible épaisseur d'eau permet également des dépôts évaporitiques comme le gypse.

Après le recouvrement total du Morvan par la mer à l'Hettangien vers 205 millions d'années, les dépôts deviennent plus calcaires et riches en fossiles. Le Sinémurien (200-195 millions d'années) se caractérise par l'abondance de ses huîtres appelées gryphées.

Gryphées

Puis la sédimentation devient très argileuse et importante pendant tout le Jurassique inférieur ou Lias qui se termine autour de 180 millions d'années.

Vers 185 millions d'années, des eaux chaudes, circulant dans le substratum granitique grâce à des fractures, apportent des éléments chimiques qui précipitent sous forme de minéraux telles la silice, la fluorine, la barytine, qui vont imprégner les horizons triasiques, hettangiens ou sinémuriens (exemple : Pierre-Perthuis).

Au Jurassique moyen, qui débute il y a 180 millions d'années, la sédimentation est toujours calcaire ou marno-calcaire. Les derniers dépôts de l'ère secondaire observables en périphérie du Morvan datent du Bathonien. Bien qu'ils se soient déposés jusqu'au Crétacé supérieur, comme dans le reste de la Bourgogne, les dépôts sus-jacents ont été érodés au cours du Tertiaire.