Les étangs sont nombreux et de toutes tailles dans le Morvan, des retenues ayant été construites sur la majorité des ruisseaux, souvent en liaison avec la pratique du flottage du bois. Plus récemment, de grands lacs de barrage comme Chaumeçon, Saint-Agnan, Chamboux ont été créés pour assurer l'alimentation en eau potable des communes ou, pour Pannecière, pour réguler le débit de la Seine via l'Yonne.

En fonction de leur ancienneté, de la pente de leurs rives et du type de gestion hydraulique dont ils font l'objet, les lacs et étangs du Morvan accueillent des espèces végétales différentes.

Les étangs les plus anciens, au niveau d'eau stable sont souvent les plus remarquables car différents types de végétations ont pu s'établir, depuis les herbiers aquatiques jusqu'aux fourrés boisés humides en passant par les tremblants et les rives tourbeuses. Encore faut-il que les berges soient entretenues correctement : pas trop artificialisées ni trop abandonnées au boisement.

Les étangs les plus récents et qui connaissent de grandes variations des niveaux d'eau sont les moins intéressants. Les conditions de vie des plantes sont peu stables, alternativement inondées ou longtemps à sec : les rives ont du mal à se végétaliser.