Les rivières sont des habitats tout à fait typiques des basses montagnes granitiques qui ont conservé dans de nombreux sites leur état naturel et une bonne qualité physico-chimique et biologique des eaux. Sur les rives, on rencontre l’Osmonde royale et l’Impatience ne-me-touchez-pas, espèces rares en Bourgogne.Les cours d’eau rapide à eau bien oxygénée et fonds graveleux, sableux ou caillouteux sont de petites rivières montagnardes, ils sont colonisés par des groupements végétaux spécialisés à base de Renoncule flottante. La Faune aquatique y est diversifiée et on note la présence d’espèce rare comme le Chabot, le Moule perlière, le loutre.