Le relief, la pluviosité, l'absence d'infiltration des eaux en profondeur, déterminent un réseau hydrographique dense et complexe ; les quelques vallées principales sont alimentées par une multitude de petits cours d'eau. Les eaux ressortent également en nombreuses sources, ' les mouillères ', à la faveur de masse argileuse formant des obstacles à la perméabilité, favorisant ainsi l'existence d'importantes zones humides (tourbières, prairies humides...)

Les rivières et petits cours d'eau rapides : des eaux vives (milieux lotiques)

Le Morvan participe à l'alimentation de deux bassins versants, celui de la Seine et celui de la Loire. Au nord et à l'est, une série de rivières convergent vers le bassin parisien, les principales étant l'Yonne et la Cure. Au sud le bassin de la Loire est alimenté par les diverses vallées confluant vers l'Arroux et l'Aron.

Les étangs et les lacs : des eaux calmes et dormantes (milieux lentiques).

Le Morvan est caractérisé par la présence de nombreux étangs. Ils sont tous artificiels et pour la plupart créés sur le lit mineur des cours d'eau. Une grande partie d'entre eux doit son origine au flottage du bois commencé au XVIIème siècle ; cependant, depuis une cinquantaine d'année, de nombreux petits plans d'eau ont été créés pour le loisir.

Le Morvan possède également six grands lacs artificiels :

- Le lac des Settons (320 ha, ancien lac de flottage et utilisé actuellement pour les loisirs) ;

- Le lac de Pannecière (520 ha, construit pour la régulation des eaux de la Seine) ;

- Le lac de Chaumeçon (135 ha, production électrique, E.D.F) ;

- Le lac du Crescent (165 ha, production électrique, E.D.F) ;

- Le lac de Saint-Agnan (142 ha, alimentation en eau potable) ;

- Le lac de Chamboux (75 ha, alimentation en eau potable).

Carte du réseau hydrographique et des grands lacs