Le climat du Morvan est caractérisé par la durée de la mauvaise saison, une grande irrégularité d'une année à l'autre, une pluviosité importante et des températures modérées avec de fréquentes menaces de gel. L'hiver est long et rigoureux, le printemps tardif et l'été chaud mais court (température dépassant fréquemment 25°C).

Du point de vue des précipitations, le massif est soumis aux influences atlantiques sur le versant ouest, mais sa position en retrait des masses océaniques permet l'expression continentale, en particulier sur la bordure nord et est. Il en résulte une dissymétrie pluviométrique entre les façades occidentale et orientale. De même avec l'altitude s'accroît l'importance des précipitations (1000 mm en moyenne par an à plus de 1600 mm sur les sommets). Les chutes de neiges restent quantitativement négligeable.

Les températures sont relativement modérées si l'on considère la moyenne annuelle d'environ 10°C (moyenne des températures annuelles hivernales minima maxima - 2 à + 4°C). L'amplitude thermique annuelle est supérieure à 20°C, ce qui est un indice de continentalité. Bien que les gelées s'étendent principalement d'octobre à février, il n'est pas rare d'avoir des températures en dessous de 0°C en été dans le fonds de vallées.

La flore

L'originalité et la diversité de la flore morvandelle sont le fruit de trois facteurs principaux propre à cette petite région.

La roche mère essentiellement granitique donne naissance à des sols pauvres et acides qui, pour l'observateur venant des régions avoisinantes, se traduit dans le paysage floristique par l'apparition entre autres de la digitale pourpre, du genêt à balais et de la callune fausse-bruyère.

Par sa position géographique le Morvan se situe aux confins de trois grands domaines de répartitions des espèces végétales :

- le domaine continental dont les espèces constituent le fond de la végétation. Certaines trouvent dans le Morvan leur limite ouest de la répartition comme le pâturin de Chaix et le cerisier à grappes ;

- le domaine atlantique ( et subatlantique) : originaires des plaines atlantiques, les espèces sont venues en Morvan par la vallée de la Loire. Ce cortège surtout présent dans le Morvan est caractérisé par la jacinthe sauvage des forêts, la walhenbergie à feuille de lierre dans les prairies humides et la bruyère à quatre angles dans les fonds tourbeux ;

- une influence méridionale se fait sentir au sud du massif : le châtaignier, essence introduite de longue date, marque ce trait de caractère.

L'altitude relative au Morvan permet à certaines espèces montagnardes et submontagnardes s'exprimer pleinement, en particulier sur les plus hauts sommets : c'est le cas du de prénanthe pourpre, de la myrtille et de l'arnica des montagnes.

Enfin, des conditions écologiques et microclimatiques particulières rencontrées dans certains fonds de vallées ont permis le maintien de milieux relictuels des dernières glaciations (- 10 000 ans), les tourbières, ainsi que les espèces qui les accompagnent comme la canneberge, la drosera, la linaigrette engainée...

La conjugaison de ces différents facteurs fait du Morvan une région spécifique au sein de la Bourgogne où s'exprime des milieux écologiquement riches et variés.