La forêt couvre actuellement près de 48% de la surface totale du massif répartie de façon relativement homogène du nord au sud. Le hêtre est l'essence climacique mais le chêne domine. Essence de lumière, son extension a été favorisé par l'abandon des taillis furetés (le furetage consiste à prélever sur pied les tiges les plus grosses). Il se maintien grâce au retard de la végétation au printemps qui le protège des gelés tardives. Les peuplements sont d'anciens taillis furetés et des taillis avec futaie vieillie.

La forêt feuillue (78000 ha) tend à être remplacée progressivement par la forêt résineuse (43000 ha). C'est une forêt jeune, entièrement issue de la main de l'homme. Les essences les plus courantes sont l'épicéa, le sapin pectiné et le Douglas. Ce dernier, en produisant rapidement un bois de bonne qualité, est dominant et son utilisation massive. L'enrésinement a débuté dès les années 1850. A partir de 1950, les pouvoirs publics encouragent les propriétaires à reboiser. Le taux d'enrésinement est d'aujourd'hui de 31,8 % en Côte-d'Or, 34 % dans la Nièvre, 34,6 % en Saône-et-Loire et 10,5 % dans l'Yonne.

Les modifications consécutives à ce processus d'enrésinement ne sont pas sans effet sur les écosystèmes et la répartition des espèces animales et végétales. En effet l'homogénéisation des peuplements est une cause majeur de réduction de la biodiversité.

Surfaces forestières