Au pied du vieux château, l’église paroissiale Saint-Jean-Baptiste dans son style du XVIe siècle, fut construite à l'emplacement d'une chapelle et d'une église antérieures. Dans le contexte, il faut rappeler l'importante abbaye (VIIIe ) puis prieuré de Commagny (paroisse), la chapelle St James (XIe s.). Moulins ne devint paroisse qu'au XIIIe, et était le siège d'un archiprêtré dont dépendait 23 paroisses, 4 prieuré, deux léproseries et deux abbayes et une collégiale Au XIe siècle a été bâti une chapelle ou modeste église, probablement déjà dédiée à Saint-Jean-Baptiste (ndlr: époque d'origine du vieux château). Vers 1360, Philippe de Moulins, natif de Moulins-Engilbert et qui fut évêque de Noyon, chanoine de Notre-Dame de Paris, conseiller des rois de France.. fit édifier une chapelle dédiée à sainte Agathe "le long de l'église" selon S. Bernard et M Vannereau ou une église selon Baudiau. Le même bienfaiteur fonde une collégiale -chapitre de six chanoines. Le grand incendie de 1509 détruisit une partie de la ville . L'église paroissiale et la collégiale furent reconstruit peu après. Au XVIIIe siècle, le mur séparant la chapelle collégiale de l’église paroissiale fut abattu et le sol entièrement refait. La Révolution supprima la collégiale, pilla et dévasta l’église avant de la transformer en Temple de la Raison. La plupart des statues et des vitraux, ainsi que le mobilier de l’église, disparurent à ce moment. Le clocher fut également abattu. Des restaurations furent effectuées au XIXe siècle : l’église fut dégagée des constructions attenantes, le clocher reconstruit. La façade et les toitures furent remaniées en 1905. Aujourd’hui se dresse un bel édifice, au plan en croix latine, ayant conservé ses caractéristiques du XVIe siècle malgré les nombreux remaniements et réfections. Le chœur est percé de baies en ogives. La nef est longue de quatre travées, délimitées par des piles cylindriques massives, sans chapiteau, soutenant les nervures prismatiques de la voûte en ogives. Plusieurs chapelles occupent les bas-côtés au nord et au sud. . Quelques vitraux du XVIe siècle en grisaille, émaux et jaune d’argent subsistent encore, dont un très beau Jugement Dernier. A l’extérieur, la tour-clocher est surmontée d’une fine flèche à pans octogonaux. Sur les contreforts d’angle se trouvent des niches, créées pour abriter des statues de saints – celle de saint Jean-Baptiste est d’ailleurs toujours visible. Le portail en bois, de style gothique flamboyant du début du XVe siècle, a motivé un classement au titre des Monuments Historiques en 1930. Une crypte romane, vestiges de l’église ou chapelle du XIVe, abrite de nombreuses sculptures en pierre et en bois de différentes époques.