Mal aimés, craints, incapables de grands déplacements, les reptiles subissent les modifications structurelles de notre environnement. La mécanisation des techniques d'exploitation et de gestion de l'espace, l'arrachage des haies par exemple font régresser leur population. Pour les espèces aquatiques comme la Cistude ou la Couleuvre vipérine, la pollution des cours d'eau cause leur raréfaction. Les principales causes de régression des espèces sont dues entre autres : à la destruction des haies, au drainage des tourbières et des prairies humides, au recalibrage des cours d'eau et au comblement des mares, au broyage mécanique, aux pollutions aquatiques, aux destructions volontaires (peur, phobie...) et aux introductions d'espèces étrangères comme la Tortue de Floride.

Quasiment toutes les espèces de reptiles sont vulnérables et méritent une attention particulière. C'est en ce sens qu'ils sont totalement protégés par la loi française (décret du 22 juillet 1993).

Seules les vipères peuvent être détruites quand elles présentent un danger.

Cependant elles ne peuvent pas être transportées sans autorisation ministérielle même mortes. Ainsi, l'alcool de vipère dont la fabrication existe encore en Bourgogne est donc illicite...