Fondé en 1886 par la société d'Histoire naturelle d'Autun, le musée est installé dans un hôtel particulier du XVIIIème siècle et son annexe. Il présente la faune, replacée dans son cadre naturel, et la flore du Morvan avant et après l'arrivée de l'homme. Avec une riche collection minéralogique, il retrace aussi l'histoire géologique. Le musée conserve des collections d'ornithologie européenne et notamment un spécimen de grand pingouin, animal aujourd'hui disparu, ainsi que d'importants herbiers. Des espaces réservés aux manipulations scientifiques sont ouverts au public.