Le musée est installé dans un ancien hôtel particulier du XVIIème siècle jouxtant la célèbre basilique Saint-Andoche. Il possède un remarquable ensemble de stèles gallo-romaines et des statues d'art religieux. François Pompon, né à Saulieu (1855-1933), est représenté par plusieurs de ses sculptures animalières en bronze ou en plâtre, des bustes, des dessins et des photos. Le musée présente aussi une évocation de l'architecture rurale et de la vie quotidienne morvandelle avec notamment la reconstitution d'un intérieur morvandiau.