Le site archéologique des Fontaines-salées conserve des ruines de thermes gallo-romains, une exploitation de sources salées et un culte aux divinités des sources. Le musée archéologique régional expose des objets recueillis lors des fouilles des Fontaines salées, des objets préhistoriques, une collection de sculptures, ainsi qu'une salle numismatique gallo-romaine.

Le village doit son origine à Girart, régent du royaume de Provence (le Girart de Roussillon de la Geste), qui y fonda en 858 ou 859 un monastère de femmes qui fut détruit peu après par les Normands. Transformé en abbaye d'hommes, il fut transféré au sommet de la colline voisine de Vézelay, à laquelle l'histoire de Saint-Père est étroitement liée. L'abbé de Vézelay était le seigneur de Saint-Père et le village faisait partie de la "poesté" de l'abbaye.

L'église Notre-Dame : L'ancienne église paroissiale Saint-Pierre a été incendiée au cours des guerres de Religion. L'église actuelle, simple chapelle à l'origine, fut reconstruite au XIIIe siècle par les moines de Vézelay. C'est un des plus beaux édifices gothiques de Bourgogne. Le bourg fut occupé par les Anglais en 1360 et incendié par les protestants en 1569. L'église fut restaurée au XIXe siècle (entre autres par Viollet-le-Duc).

Légende : Dans le vallon de Vaubouton se trouve le site légendaire de la bataille de "Vaubeton" livrée par Girart de Roussillon contre le roi Charles.