Quelques silex chalcolithiques et des tessons de céramique datant de l'’époque gallo-romaine ont été découverts sur le territoire de la commune. La fondation de la paroisse Saint-Hilaire remonterait au XIXe siècle. Dès le XVIIe siècle, des familles aristocratiques ont fait construire de petits châteaux : ainsi, le château d’'Argoulais est associé au nom des marquis de Chabannes et à celui de Jean Sallonnyer, qui a œœuvré pour améliorer la technique du flottage du bois par trains de bûches sur l’'Yonne.

Le moulin d’'Attruyes (1493) faisait partie du domaine du comte de Chabannes. Des vestiges antiques ont été retrouvés dans l'’environnement proche. Il ne fonctionnait que pendant les périodes de fortes pluies. Son activité cessa vers 1914.

Avant la Révolution, la fontaine des Gueux permettait aux pauvres du hameau et aux voyageurs de remplir leur seau. Au début du XIXe siècle, sa source coulait encore.

La commune de Saint-Hilaire compte sur son territoire deux manoirs : le manoir de Courcelles (XVIIe - XIXe) et le manoir de Chaumotte (XVIIIe siècle) et trois châteaux : le château de Mouasse (XVIIIe - XIXe siècles), le château de l'’Huis au Roi (XVIIe siècle) qui possède un colombier et le château de Chaligny (seconde moitié du XIXe siècle). Il existait un château avec deux tourelles au XVIIe siècle, appartenant à la famille Sallonnyer. Il fut reconstruit au XIXe par François de Chaligny ; c’est le château actuel de Chaligny.
L’'église de 1875 de style néoroman se compose de deux chapelles : celle de gauche abrite le blason de la famille Langlois de Beaurepaire, celle de droite, celui de la famille de Champs de Saint-Léger.

Pour en savoir plus sur cette commune, nous vous recommandons de visiter l'Observatoire du Parc à l'adresse suivante: https://www.parcdumorvan.org/le-parc/le-centre-de-ressources/lobservatoi... Les cartes de l'Observatoire vous apporteront de nombreuses connaissances à l'échelle de cette commune (population, espaces naturels protégés, milieux aquatiques, etc.).