Biotopes à écrevisses, complexe humide de fond de vallon et landes sèches de la vallée de la Dragne :
Onlay, Préporché, Villapourçon, Moulins-Engilbert, Fâchin, Saint-Léger-de-Fougeret.

Hêtraie montagnarde et tourbière du haut Morvan :
Saint-Prix, Roussillon-en-Morvan, Glux-en-Glenne, Arleuf, Fâchin, Villapourçon.

Massif forestier du Mont Beuvray :
Saint-Léger-sous-Beuvray, Glux-en-Glenne, Larochemillay.

Etang à littorelles et queues marécageuses, prairies marécageuses et paratourbeuses du nord du Morvan :
St-Agnan, Dun-les-Places, Saint-Brisson, Alligny-en-Morvan, Champeau-en-Morvan, Saint-Andeux, Saint-Germain-de-Modéon, Saint-Léger-Vauban.

Tourbière du Vernay :
Saint-Brisson

Forêts riveraines et de ravins, corniches, prairies humides de la vallée de la Cure et du Cousin dans le nord Morvan :
Pierre-Perthuis, Domecy-sur-Cure, Chastellux-sur-Cure, Quarré-les-Tombes, Saint-André-en-Morvan, Saint léger Vauban, Pontaubert.

Prairies marécageuses et paratourbeuses de la vallée de la Cure :
Montsauche, Planchez, Moux, Gien-sur-Cure.

Ruisseaux à écrevisses du bassin de la Cure :
Lormes, Vauclaix, Gâcogne, Marigny-l'Eglise, Dun-les-Places, Brassy, Quarré-les-Tombes.

Forêts de ravin de la vallée de l'Oussière en Morvan :
Corancy, Planchez, Lavault-de-Frétoy.

Forêts et pelouses calcicoles des coteaux de la Cure et de l'Yonne en amont de Vincelles :
Asquins, Givry

Forêts, landes, tourbières de la vallée de la Canche :
La Grande Verrière, Saint-Prix, Roussillon en Morvan