Isolée au nord du bourg, au hameau de Cordois, l’église paroissiale du XVIe siècle remaniée ultérieurement pourrait être d'origine du IXe. Une église St-Pierre-sous-Cordois est mentionnée par le moine Heric au IXe et peut-être même au VIe s. Le village de Bussières regroupant les hameaux de Cordois, Faubourg et des Chaumes Mathey, on peut donc penser que c'est la même église qui à l’époque était entourée de maisons. L’église actuelle Saint-Jean-Baptiste est un édifice Renaissance, remanié aux XVIIIe et XIXe siècles. L'église, dédiée à saint-Denis, fut détruite au XVe en 1478 siècle par Louis XI, et reconstruite par les habitants au début du XVIe siècle avec les décombres, comme en atteste une inscription sur un pilier (1520). La nef fut rebâtie en 1690, puis agrandie en 1730. En 1829, la nef fut couverte en tuiles, et en 1851, la tour reçoit une couverture en zinc, et est enduite de ciment. Aujourd’hui bien entretenue, l’église en croix latine comporte unevtour-clocher carrée à l'intersection de la nef et du chœur. Le plafond est cintré et le chœur entouré de boiseries. Le cimetière est encore en partie autour et était très étendu au Moyen Âge.. . On remarque, dans le mur nord une tête grossièrement sculptée, dite Jean du Cognot, qui passait pour guérir les malades. L’église est célèbre pour avoir été, en 1633, celle du curé et abbé Sébastien Clairin, parrain de Sébastien Le Prestre, futur maréchal de Vauban. Le presbytère reconstruit en 1729 a été rasé dans les années 1940.
La carte de Cassini (XVIIIe) indique bien l’église et aussi la chapelle "de secours" de Villarnoux.