Au XVIème siècle, s'implante en Morvan une nouvelle activité économique très importante pour la région et qui va perdurer jusqu'à 1914 : Le flottage du bois. A partir de 1550, alors que la population parisienne a triplé en cinquante ans, on décide d'exploiter les 47 000 hectares de forêts du Morvan pour alimenter Paris en bois de chauffage. Le transport du bois se fait exclusivement par voie d'eau. La technique utilisée est celle du flottage 'à bûches perdues'. Les bûches, débitées dans les forêts morvandelles, sont jetées dans les ruisseaux et les cours d'eau de l'Yonne et de la Cure. Dans la région de Vermenton et de Clamecy, lorsque la rivière devient navigable, les bûches sont disposées de façon à construire d'immenses 'trains de bois', des sortes de radeaux de bûches, qui sont emportés par la Seine jusqu'aux ports de la capitale. En 1800, le Morvan fournit les 3/4 de la consommation parisienne.

Le premier train de bois morvandiau arrive dans la capitale le 21 avril 1547. Afin d'exploiter les forêts proches des ruisseaux et de permettre un transport plus efficace des bûches, tout un système d'étangs et de retenues d'eau a été aménagé. En effectuant des 'lâchers' d'eau à partir de ces retenues, on provoque des crues artificielles qui gonflent les ruisseaux et emportent les bûches. Si une seule étape était suffisante pour acheminer les bûches transportées par certaines grosses rivières comme la Cure ou le Beuvron, deux étapes sont parfois nécessaires pour les petits ruisseaux : Le 'petit flot' et le 'grand flot'. Ainsi, la compagnie de la haute Yonne qui gère une très importante quantité de bois, organise un petit flot à la fin novembre ; celui-ci charrie les bûches du lieu de coupe à l'un des vingt-daux ports situés sur le cours supérieur de l'Yonne. Et au printemps, un grand flot permet de rassembler les bûches pour les acheminer aux ports de constructions des trains de bois.

Le flottage mobilise hommes femmes et enfants pour la coupe, le charroi, l'empilage, le jetage, les récupérations intermédiaires. La population y trouve un complément indispensable de ressources. Mais le flottage profite d'abord aux grands propriétaires forestiers (les grands nobles et leurs successeurs) et aux marchands qui organisent le trafic.