Le hameau fut le siège d'une très ancienne abbaye du VII e siècle, qui devint le prieuré de Commagny et fut une commune et une paroisse. De ce riche domaine religieux subsiste dans le hameau et ceux environnants, de nombreux bâtiments: église, maison du prieur, four banal, maisons, cellier, pressoir, moulin ... Au VIe siècle, les terres de Commagny furent octroyées à l’abbaye Saint-Martin d’Autun par la reine Brunehaut. L’abbé Baudiau rapporte qu’une chapelle y fut érigée au siècle suivant. Une abbaye importante s’y constitua au IXe siècle. L’église, d’abord placée sous le vocable de saint Hilaire, ne fut bâtie qu’au XIIe siècle. La règle bénédictine fut adoptée par les moines à peu près à cette époque. En 1161, Bernard II, qui l’avait en gestion, réussit à obtenir du pape la reconnaissance de son abbaye de « Commagniaco » : Commagny fut directement rattaché à Rome et ne rendait aucun compte au clergé local. À cette époque, la commune surement plus importante et riche que Moulins Engilbert. La maison du prieur fut construite en 1336. On dénombrait une douzaine de moines vers 1350. Le prieuré renfermait une prison et un pilori, le prieur ayant droit de haute justice sur l’ensemble de son domaine. De fait, Commagny était alors une commune à part entière, distincte de Moulins-Engilbert, ce que nous montre bien la carte Cassini (env. 1755) ainsi que la route royale qui traverse le domaine. Le prieuré était dit « d’observance » et « d’obédience » clunisiennes, mais ne dépendait pas de Cluny. L’église fut placée au XIVe siècle sous le patronage de saint Laurent. Au XVe siècle, le prieuré fut pillé par l’un de ses prieurs, Guillaume de Courvol, en outre inculpé de plusieurs meurtres. Les moines désertèrent progressivement les lieux ; le prieur n’habitait plus sa maison à la fin du XVIe siècle. L’année 1652 vit le rattachement du prieuré de Commagny à la congrégation bénédictine de Saint-Maur. Vendu comme bien national durant la Révolution, le prieuré de Commagny fut acheté par le fermier Jacques Massin de Mary, qui le revendit presque aussitôt à Hugues Besson. Commagny perdit sa qualité de commune le 16 mai 1794 et fut rattaché à Moulins-Engilbert.
Toujours propriété privée, la maison du prieur (inscrit aux MH) est un bel édifice du XIVe siècle en pierre calcaire, de plan quadrangulaire, à deux étages (dont un sous combles), flanqué d’une tour ronde à l’un de ses angles. Sur la façade ouest, côté cimetière, les baies sont rares et petites, à l’exception d’une fenêtre à meneaux surmontée d’accolades et d’écussons lacunaires. Sur la façade est, côté cour, les ouvertures ont peut-être été agrandies postérieurement. La tour est percée de meurtrières et de petites baies également de style gothique. Le jardin, comme le cimetière contigu, est ceint de hauts murs. L’église est accolée à cet édifice. La fontaine St Gervais, en contre bas de l'église) fut l'objet de pèlerinages et de rites thérapeutiques liés à la sécheresse, les enfants et les maladies (voir fiche Morvan terre de légendes et croyances).