En face du château d’Alligny, se trouve l’ancien presbytère du XVIe siècle, remanié aux XVIIIe et XIXe siècles. Les curés bâtirent le presbytère près du château pour être notamment protégés des brigands. D’après le terrier de 1649 il comprenait « un chanfeur, chambre, grange et estable ». En 1728, une autre chambre, une salle et un fournil furent ajoutés et d’autres chambres furent ajoutées en 1850. En 1882 le presbytère est restauré d’après les plans de l’architecte Andoche Parthiot et devient une belle propriété avec plusieurs bâtiments (encore visibles). Les curés d’Alligny résidèrent dans ce presbytère jusqu’à la loi de Séparation des Églises et de l’État. Le dernier presbytère fut installé ensuite dans l’ancien établissement des Sœurs de la Providence de Portieux qui avait fermé ses portes en 1902. Aujourd’hui, proche du cimetière, on observe un long bâtiment sur un niveau, avec des communs, couvert en tuiles plates de Bourgogne. Le presbytère, ceint de murs, est devenu une résidence privée. Durant notre inventaire, il est rare et étonnant de voir un presbytère de cette qualité et dans un village, qui plus est du XVIe.