L'église romane Saint-Germain a été construite en respectant la forte pente du site et daterait du XIIe siècle. Fontenay aurait fait partie de la donation de Girard de Roussillon pour la fondation du monastère de Vezelay vers 863. On ne peut pas être précis sur un ou des remaniements ou une extension ultérieurs. Nous savons uniquement que des éléments architecturaux non identifiés ont été ajoutés ou modifiés au XVe siècle et que sur la façade latérale nord, l'année 1733 est inscrite sur le linteau de la porte. Le cadastre de 1818 montre le plan de l'église comme le plan actuel; ainsi il n'y eut pas de remaniement au XIXe comme pour la plupart des églises du Morvan.. Le 8 novembre 1690, fut bénie une des cloches, nommée "Sébastien-Jeanne", en l'honneur de Vauban et son épouse. Sébastien le Prestre, seigneur de Vauban, de Pierre-Perthuis..., et Jeanne d'Aulnay ont assisté à la bénédiction.
La crypte est inscrite aux Monuments Historiques depuis 1988.
Aujourd'hui, l'église n'a pas perdu son bel aspect roman même remaniée en partie. L'entrée est surmontée d' un portail-tour-clôcher. Au lieu d'un transept, une partie plus étroite unit la nef rectangulaire au chœur. L'église étant bâtie sur un terrain fort incliné, du portail on descend jusqu'à la nef par des marches et une crypte se trouve sous le chœur..
En proximité se trouvait la chapelle Ste Christine réputée et détruite après la Révolution, vers 1810.