L'ancien village d'Alligny se situait "de l'autre coté de la rivière", vers Bazolles. L'ancienne église paroissiale devait se situer près de ce hameau. Sa localisation et sa date de construction restent imprécises. D'après l'Abbé Baudiau, une première église ou chapelle, non datée mais "antérieure à 1462", était "située de l'autre côté de la rivière, au bas de la Combe de la Palue". Courtépée (XVIIIe siècle) note, en parlant de "la Tour d'Ocle ruinée dès 1490" que l'ancienne église n'en était pas éloignée (source CeCaB) : mais cela correspondrait à plus d'1km . À Bazolles, non loin de la Combe de la Pallue, vers le pré de la Vernée en limite des bois Masières ou de La Sarrée (selon une source locale) "trois sarcophages en grès renfermant chacun deux squelettes" ont été découverts en creusant les fondations d'une maison en 1834 et "auprès se trouvait une fosse commune pavée de pierre plates d’environ sept mètres de diamètre" (source Baudiau). Il pourrait s'agir là des vestiges de l'ancien cimetière de l'église disparue dont il ne reste aucune trace aujourd’hui. La carte de Cassini (vers 1750) indique le hameau du Grand Bazolles et un bâtiment au Petit Bazolles. Elle aurait donc pu être au pied de la combe de la Pallue ou au pré des Vernes, près du Grand Bazolles.
Cette église, de style roman, aurait été "transférée" par Jean Ier de Fontette "pour la mettre plus à portée de son château", à l'emplacement actuel. La nouvelle église paroissiale du XVe siècle a été bâtie (sur une chapelle castrale ?) au centre du village avec des matériaux issus de l'ancienne église, notamment pour le clocher et le portail ouest, de style roman. Élément à étudier.